A disease with severe neurologic symptoms caused 100% mortality in a small broiler operation in the Gauteng
Province, South Africa in late March 2013. Routine diagnostic PCR testing failed to identify a possible cause of the outbreak; thus,
samples were submitted for virus isolation, serology, and bacteriology. An avirulent Newcastle disease virus (NDV) strain isolated
was identified as a V4-like genotype 1 strain, by DNA sequencing, with a cleavage site of 112GKQGRQL117. Real-time reverse
transcription PCR identified NDV in the brain but not in cecal tonsils or pooled tracheas, spleens, lungs, and livers. A random
amplification deep sequencing of a transcriptome library generated from pooled tissues produced 927,966 paired-end reads. A
contig of 2,309 nucleotides was identified as a near-complete avian gyrovirus 2 (AGV2) genome. This is the first report on the
African continent of AGV2, which has been reported in southern Brazil, the Netherlands, and Hong Kong thus far. A real-time
PCR for AGV2 only detected the virus in the brain but not in cecal tonsils or pooled tracheas, spleens, lungs, and livers. Sequence
reads also mapped to the genomes of mycoplasma, Escherichia coli, avian leukosis virus subtype J, and Marek’s disease virus but
excluded influenza A virus, Ornithobacterium rhinotracheale, avian rhinotracheitis virus, avian encephalomyelitis virus, and West
Nile virus. Air sac swabs were positive on bacterial culture for E. coli. The possibility of a synergistic pathogenic effect between
avirulent NDV and AGV2 requires further investigation.
Una enfermedad con signos neurolo´gicos graves causo´ una mortalidad del 100 % en una operacio´n pequen˜a de pollos de engorde
en la provincia de Gauteng, en Suda´frica a finales de marzo del 2013. Las pruebas rutinarias de diagno´stico por PCR no lograron
identificar una posible causa del brote, por lo que las muestras fueron sometidas al aislamiento viral, serologı´a y bacteriologı´a. Se
aislo´ e identifico´ un virus de la enfermedad de Newcastle no virulento (NDV) como una cepa similar al genotipo 1 V4, por
secuenciacio´n de ADN, en el sitio de disociacio´n 112GKQGR Q L117. Mediante un me´todo de transcripcio´n reversa y PCR en
tiempo real se identifico´ la presencia del virus de Newcastle en el cerebro, pero no en las tonsilas cecales o en las muestras agrupadas
de tra´quea, bazo, pulmones, e hı´gado. Una amplificacio´n con secuenciacio´n profunda y aleatoria de una biblioteca de transcriptoma
generada a partir de muestras agrupadas de tejidos produjo 927,966 lecturas emparejadas. Se identifico´ un contig de 2309
nucleo´tidos como un genoma casi completo de un Gyrovirus aviar 2 (AGV2). Este es el primer informe en el continente africano de
la presencia del AGV2, que se ha reportado hasta el momento en el sur de Brasil, los Paı´ses Bajos y Hong Kong. Un me´todo de
PCR en tiempo real para AGV2 so´lo detecto´ al virus en el cerebro, pero no se detecto´ en las tonsilas cecales, o en las muestras
agrupadas de tra´quea, bazos, pulmones e hı´gado. Las lecturas de las secuencias tambie´n se relacionaron con el genoma de
mycoplasma, Escherichia coli, con el virus de la leucosis aviar subtipo J, y con el virus de la enfermedad de Marek, pero excluyo´ al
virus de la influenza A, Ornithobacterium rhinotracheale, al virus de la rinotraqueı´tis aviar, al virus de la encefalomielitis aviar y al
virus del Nilo Occidental. Los hisopos de sacos ae´reos fueron positivos para el cultivo bacteriano de E. coli. La posibilidad de un
efecto patoge´nico sine´rgico entre el virus de Newcastle avirulento y el AGV2 requiere de ma´s investigacio´n.
